Gracias a la Oratio panegírica (Discurso de despedida) del capadocio Gregorio el Taumaturgo, conocemos el sistema de enseñanza teológica que Orígenes seguía en Cesarea. Después de una exhortación a la filosofía, proseguía con un curso preliminar que adiestraba a los estudiantes para la educación científica mediante un ejercicio mental constante; por último, el curso científico comprendía la lógica y la dialéctica, las ciencias naturales, la geometría y la astronomía y, al fin, la ética y la teología. Según J. Quasten, «el curso de ética no se reducía a una discusión racional de los problemas morales, sino que daba toda una filosofía de la vida». Gracias a Eusebio, sabemos que Orígenes adaptó ingeniosamente a dicha escuela los métodos característicos de la enseñanza superior de tipo helenístico.
No cabe, pues, duda de que, tanto en el autor de El Pedagogo como en Orígenes y otros, había claramente la intención de plantear una pedagogía alternativa a la de la época, aunque este objetivo no se consiguiera, por distintas razones, hasta la aparición de la escuela monástica de Oriente con los Padres del Desierto en Egipto.
Con todo, el plan más ambicioso de la teología clementina y del propio Orígenes no radicaba en la mera posibilidad de proponer una alta escuela alternativa (en este caso, de teología) sino — con palabras de Jaeger — en «enfrentarse a la idea cultural de los griegos como un todo». No se trataría tanto de subrayar el papel del Pedagogo como el de la nueva Paideía o programa pedagógico que éste lleva consigo. El Logos-Pedagogo cristiano encarnaría, así, un nuevo ideal de existencia humana:
Pero, cuando Cristo es visto como el educador de la humanidad, es contrastado, por ello, con toda la idea griega de cultura, pues tal es el significado exacto que la palabra paideía había alcanzado en el curso de su historia. El uso de la palabra «pedagogo», en este sentido exaltado, indica que ya no significa el esclavo que en los siglos clásicos de Grecia tenía la función de llevar y traer al niño a la escuela, sino que está más cerca del significado filosófico que Platón dio a la palabra paidago-geín en las Leyes, donde define de esta forma la relación de Dios con el mundo: «Dios es el pedagogo de todo el mundo» (Leyes X 879b). Esta transformación del significado y rango de la palabra fue la consecuencia necesaria de la dignidad filosófica que Platón había dado al concepto de paideía. Y fue esta dignidad teológica platónica la que hizo posible que Clemente presentara a Cristo como pedagogo de todos los hombres.
El cristianismo podía, en este caso, cumplir una misión paidéutica nueva: ser iniciador de la civilización cristiana. Bajo esta nueva perspectiva, la filosofía griega es degradada (también en Orígenes) a ser una propaideía de la teología cristiana, verdadera y nueva paideía cuya fuente es el Logos divino. Frente a la antigua afirmación de Isócrates proclamando la paideía griega:
Nuestra ciudad ha dejado al resto de la humanidad tan atrás, por lo que respecta a la inteligencia y al discurso, que sus discípulos se han convertido en maestros de todos; el nombre «griego» ya no señala a un hombre en particular, sino a este tipo de inteligencia; quienes participan en nuestra paídeusis son llamados «griegos» con preferencia a aquellos que sólo tienen la naturaleza física en común con nosotros
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podemos encontrar ahora la respuesta de Clemente:
Así como hay un estilo de vida propio de los filósofos, otro, de los rétores, otro, de los luchadores, así también haya una noble disposición del alma, que corresponde a la voluntad amante del bien, y que es consecuencia de la pedagogía de Cristo. Tal educación confiere a nuestro comportamiento una radiante nobleza.
Respuesta que no dudará en hacer suya la razón de los filósofos:
La filosofía se define como el estudio de la recta razón... El comportamiento propio del cristiano es una actividad del alma racional inspirada en el buen juicio, y en el deseo de verdad... La vida de los cristianos, que ahora enseñamos, es un conjunto de acciones racionales, la práctica perseverante de lo que nos enseña el Logos, que nosotros llamamos fe.
Del mismo modo que hará, posteriormente, Orígenes:
Ruégote que tomes de la filosofía griega aquellas cosas que puedan ser conocimientos comunes o educación prepaiatoria para el cristianismo, y de la geometría y astronomía lo que puede ser útil para la exposición de la Sagrada Escritura, a fin de que lo que los discípulos de los filósofos dicen de la geometría, y música, y gramática, y retórica, y astronomía, a saber, que son siervas de la filosofía, podamos decirlo nosotros de la filosofía misma en relación con el cristianismo.